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E’ un periodo prospero per Bisceglie, l’attività marinara va a gonfie vele, vengono allacciate relazioni commerciali con le Repubbliche Marinare, specie con Amalfi dalla quale si trasferiscono numerosi nuclei di commercianti, portando con loro costumi e tradizioni. Così mentre la fiorente citta di Trani emanava gli Ordinamenta Maris, i marinai di Bisceglie stipulavano accordi commerciali con le città con le quali venivano in contatto, così come ne testimonia la Carta Marinara del 1211 nella quale si descrive l’accordo commerciale con la città di Ragusa Dalmata. In questo accordo si stabiliva la reciproca revoca delle tasse sulle merci vendute dei diritti portuali.
 
Anche Bisceglie come la vicina Trani ebbe la sua colonia di ebrei, testimonianza ne è stata fino a pochi anni fa nel nome della strada La Giudea oggi Via Tevere. I biscegliesi furono poco tolleranti con gli ebrei, infatti nel 500 le leggi locali vietavano la residenza in città a ebrei ed eretici che al massimo potevano rimanervi per affari solo tre giorni, altrimenti venivano puniti con la confisca dei beni e con punizioni corporali.
 
Nel 1222 l’imperatore Federico II costruì il castello affiancandolo alla Torre Normanna. L’edificio a pianta quadrangolare aveva torri quadrate agli angoli. Costruito con poche ed eleganti stanze, venne custodito da un castellano e da pochi fanti a cavallo.
 
Nel 1266 Bisceglie entra a far parte del feudo dei Conti di Monfort, che scesi al seguito di Carlo d'Angiò e per volontà sovrana, tennero queste terre come propri feudi. Tra il popolo di Bisceglie i più accaniti sostenitori degli Angiolini sono i Falcone, potenti e ricchi signori i quali occupano le più importanti cariche politiche, religiose e civili. Ma anche il popolo non è da meno a fedeltà verso gli Angioini tanto che Re Carlo II premia la città decorando lo stemma comunale con una quercia d'oro in campo rosso con su scritto fedelissima.
Nel 1326 la città passa sotto il potere di Roberto, fondatore insieme al fratello Filippo del vasto principato di Taranto. Inizia per Bisceglie e altre città vicine un periodo di instabilità e lotte interne dovute al malgoverno della Regina Giovanna I, detta dei quattro mariti, succeduta a Roberto. Intrigante e capricciosa, con l'aiuto del Conte Pipino da Barletta, fa uccidere il marito Andrea d'Ungheria subendone poi le conseguenze di suo cognato il Re Luigi d'Ungheria sceso in Italia per vendicarne la morte del fratello Andrea.
 
L'opera della Regina, che nel frattempo si era rifugiata ad Avignone presso il Papa, accende in tutta la Puglia focolai di ribellione e di guerriglia fino al 1352 quando, per intercessione del Papa, il Re d'Ungheria riconosce Giovanna Regina di Napoli. L'ultimo atto di guerriglia nella contea di Bisceglie si ebbe tra Luigi I° d'Angiò e Carlo III° di Durazzo al seguito del quale c'era il capitano di ventura Alberico da Barbiano. Nella notte del 13 settembre il Barbiano riusciva ad entrare in Bisceglie, attraverso un varco aperto presso la Chiesa di San Nicolò al porto e a scacciare i francesi dopo aver seminato orrore e morte tra gli abitanti.
 
Ora la città è divisa in due fazioni, i durazzeschi e gli angioini. Questi ultimi, stanchi delle violenze ad opera di Carlo III° di Durazzo, aprirono le porte della città all'esercito di Luigi d'Angiò che rioccupò la città, sfogando sulla popolazione il tradimento subito nonostante i tentativi di impedirlo fatti dallo stesso Luigi I°, il quale rientrato in città, vi morì pochi giorni dopo a causa delle ferite riportate durante la battaglia.